ในปี พ.ศ.๒๕๓๕ กองทัพเรือได้ รับอนุมัติจากกระทรวงกลาโหม ให้ดำเนินการก่อสร้าง อู่ซ่อมเรือแห่งใหม่ ณ บริเวณอ่าวจุกเสม็ด อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี

กองทัพเรือ ได้ดำเนินการขอพระราชทาน ชื่อของอู่ใหม ่ต่อองค์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ซึ่งได้ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ พระราชทานชื่ออู่ แห่งใหม่ว่า "อู่ราชนาวีมหิดลอดุลยเดช" โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการซ่อมทำเรือทุกขนาด

ที่ใช้อยู่ในราชการกองทัพเรือให้สามารถปฏิบัติภารกิจได้อย่างต่อ เนื่องและมีความพร้อมรบ ตลอดเวลารวมทั้งเพื่อสนองตอบ นโยบายการพึ่งพาตนเองในอนาคตและให้การสนับสนุนการซ่อมทำเรือขนาดใหญ่ที่ ไม่สามารถเข้าซ่อมบำรุงที่อู่เดิมทั้ง ๒ อู่ได้ เช่น ร.ล.จักรีนฤเบศร, ร.ล.สิมิลัน, ร.ล.พุทธยอดฟ้า, ร.ล.นเรศรว, ร.ล.ตากสิน, ร.ล.เจ้าพระยา, ร.ล.บางปะกง,ร.ล.กระบุรี, ร.ล.สายบุรี เป็นต้น